年末調整は、勤務先（会社）が給与所得者に代わって1年間の所得税を計算し、過不足を精算する手続きです。一方の確定申告は、納税者本人が税務署へ所得と税額を申告する手続きを指します。「誰が手続きするか（会社か本人か）」「対象となる所得の範囲」「実施時期」が主な違いです。
この記事は、多店舗・多拠点でアルバイトやパート、外国人スタッフを含む多くの従業員の年末調整をとりまとめる、本社の人事・労務担当者に向けたものです。従業員から「自分は確定申告も必要ですか」と聞かれたときに整理して答えられるよう、両者の違いと実務上の注意点をまとめます。
年末調整と確定申告はどう違うのか？
大きな違いは主に3点です。整理すると次のようになります。
- 手続きする人：年末調整は勤務先が行い、確定申告は納税者本人が行います。
- 対象：年末調整は勤務先から給与を受け取る給与所得者が基本の対象です。確定申告は、給与以外の所得がある人や、年末調整では精算しきれない控除を受けたい人などが対象になります。
- 時期：年末調整は主に年末の給与計算に合わせて行われます。確定申告は原則として翌年の申告期間に本人が税務署へ提出します（期間や取り扱いは年度や状況により異なるため、最新情報は国税庁の案内でご確認ください）。
年末調整とは何をする手続きか？
年末調整は、毎月の給与から源泉徴収されている所得税の合計額と、1年間の所得や各種控除にもとづく本来の税額との差額を精算する手続きです。会社は従業員から扶養や保険料控除などの申告書を回収し、金額を計算して過不足を調整します。給与所得者の多くは、年末調整で1年間の所得税の精算が完了します。
確定申告が必要になるのはどんな場合か？
給与所得者でも、状況によっては確定申告が必要または有利になる場合があります。代表的なケースは次のとおりです（個々の要否は所得や控除の状況により異なるため、判断に迷う場合は税務署や税理士へご確認ください）。
- 複数の勤務先から給与を受け取り、年末調整が1か所でしか行われていない場合
- 給与以外に一定額を超える所得（副業・不動産・事業収入など）がある場合
- 医療費控除や寄附金控除など、年末調整では扱われない控除を受けたい場合
- 年の途中で退職し、その後年末調整を受けていない場合
逆に、1か所から給与を受け取り年末調整が済んでいて、追加の控除申請がない場合は、確定申告が不要なことが一般的です。
人事担当者が押さえておきたい実務上の注意点
多店舗でシフト勤務スタッフを多く抱える現場では、年末調整の書類回収そのものが大きな負担になりがちです。特に次のような点で作業が滞りやすくなります。
- 店舗ごとに紙の申告書を配布・回収し、本社で不備を確認・差し戻すやり取りが発生する
- アルバイト・パートの入退社が多く、対象者の把握や住所・扶養情報の更新が追いつかない
- 外国人スタッフが記入方法を理解しづらく、記入不備による確認が増える
これらは手続きの内容そのものより、「誰が・どの様式で・いつまでに提出するか」という回収フローの設計に原因があることが少なくありません。
年末調整の電子化で何が変わるか？
年末調整をオンライン化すると、申告書の配布・回収・確認をシステム上で行えます。入力時に不足項目をチェックできれば、入力不備による差し戻しの削減につながります。多言語表示やスマホでの入力に対応していれば、操作に慣れていないスタッフや外国人スタッフも手続きを進めやすくなります。
シフトで働く現場向けの「入社手続きクラウド」である人事CREW（提供：TECH CREW株式会社）は、年末調整に対応するモジュール「年整CREW」を追加できます。スマホで完結する入力、提出時のバリデーション、多店舗の権限設計、多言語対応などにより、多拠点の年末調整業務の負担軽減を支援します。導入事例では年末調整業務を最大93%削減したケースがありますが、対象や測定条件により効果は異なります。年末調整の要否や税額計算の最終判断は、あくまで税制のルールにもとづくものであり、確定申告が必要な従業員には個別の対応が必要です。
FAQ
年末調整をすれば確定申告は不要ですか？
1か所から給与を受け取り年末調整が済んでいて、追加の控除申請などがなければ不要なことが一般的です。ただし医療費控除や副業所得などがある場合は確定申告が必要または有利になることがあります。
アルバイトやパートも年末調整の対象ですか？
勤務先から給与を受け取り、必要な申告書を提出していれば対象になり得ます。要否は勤務状況や提出書類により異なるため、対象者の把握が重要です。
年末調整と確定申告の時期はいつですか？
年末調整は主に年末の給与計算に合わせて行われ、確定申告は原則として翌年の申告期間に本人が行います。具体的な期間は年度により異なるため、国税庁の案内をご確認ください。
両方を行うことはありますか？
あります。会社で年末調整を受けたうえで、医療費控除など年末調整で扱えない控除のために本人が確定申告を行うケースがあります。
まとめ
年末調整は会社が給与所得者の所得税を精算する手続き、確定申告は本人が税務署へ申告する手続きです。多くの給与所得者は年末調整で完結しますが、追加控除や副業所得などがある場合は確定申告が必要になります。多店舗で年末調整の書類回収に時間がかかっている場合は、回収フローの電子化でどこまで負担を軽減できるか、一度整理してみることをおすすめします。年整CREWを含む人事CREWの活用可否を検討したい場合は、資料請求やお問い合わせからご相談ください。
最終更新: 2026年9月7日
